Proteómica

Grupo Proteómica

Proteómica

 

Responsable de la Unidad: Gemma Barroso García

E-mail: unidadproteomica.hnp@sescam.jccm.es

 

La espectrometría de masas es una técnica bien establecida  y se utiliza de forma generalizada en industria y el mundo académico. El avance tecnológico de esta técnica ha permitido un elevado conocimiento sobre la caracterización, función e interacción entre biomoléculas claves para la célula como son las proteínas y los metabolitos.

 

La Unidad de Proteómica tiene por misión el poner a disposición de los investigadores métodos de espectrometría de masas de última generación para analizar los posibles cambios biomoleculares que puedan ayudarles a comprender mejor enfermedades, efectos de fármacos, rutas metabólicas, etc.

 

Desde el año 2007 en que el SAI-Proteómica forma parte de los Servicios de Apoyo a la Investigación del Hospital Nacional de Parapléjicos (SAI-HNP) se han ido incorporando aplicaciones novedosas para estudios de caracterización, identificación masiva, cuantificación o estudios dirigidos. Además de proporcionar estos servicios a los investigadores del centro, también se ofertan a otras instituciones públicas y empresas privadas.

 

La Unidad participa en el programa de formación continuada del Hospital Nacional de Parapléjicos-SESCAM, así como a través de la Fundación del Hospital Nacional de Parapléjicos impartiendo cursos de carácter teórico-práctico dirigidos a especialistas, clínicos, investigadores y personal técnico interesados en aumentar su conocimiento en las técnicas de proteómica y sus potenciales aplicaciones a sus campos de interés. Así mismo, existen convenios con universidades para la realización de prácticas en nuestras instalaciones.

 

El SAI-Proteómica participa y colabora en la organización de diferentes actividades divulgativas desarrolladas por la Unidad de Investigación como son Jornadas de SAIs, la Semana del Cerebro, Seminarios, etc. para acercar el trabajo que desarrollamos a la comunidad científica y a la sociedad.

 

 

EQUIPAMIENTO

 

Espectrometría de masas

TripleTOF 6600 plus (Sciex)

El TripleTOF 6600 plus es un espectrómetro de masas Q-TOF que proporciona alta resolución y precisión de masas en todas las etapas de MSn. El TripleTOF tiene acoplado un sistema Eksigent nano/microLC 425. Es especialmente adecuado para adquisición independiente de datos (DIA) y de identificación masiva.

 

4000 QTrap (Sciex)

El 4000QTrap es un espectrómetro de masas de triple quadrupolo (QqQ). Este tipo de espectrómetros están especialmente diseñados para análisis de proteómica dirigida (SRM/MRM). El 4000QTrap está equipado con una fuente nano-ESI y tiene acoplado un sistema nanoLC Ultimate 3000 (Dionex).

 

4800 Plus MALDI TOF/TOF (Sciex)

El 4800 Plus MALDI TOF/TOF es un espectrómetro de masas con doble analizador de tiempo de vuelo (TOF/TOF) y fuente de ionización MALDI. Permite la determinación rápida de masas moleculares de péptidos y proteínas intactas.

 

 

 

Electroforesis y Análisis de imagen 2D-gel

Sistemas de Isoelectroenfoque

El SAI cuenta con dos equipos de isoelectroenfoque termostatizados para la separación de proteínas según su punto isoeléctrico utilizando tiras de gradiente de pH inmovilizado (IPG) de varios tamaños.

  • Ettan IPGphor 3 (GE Healthcare )
  • PROTEAN i12 IEF Cell (BioRad)

Sistemas de electroforesis

Los sistemas de electroforesis con los que se cuenta están basados en la separación de proteínas a través de una matriz porosa (electroforesis en gel) según su peso molecular al aplicarles un campo eléctrico.

  • Ettan Dalt Six (GE Healthcare)
  • Hoefer SE 600 (GE Healthcare)
  • Mini-PROTEAN 3 Dodeca Cell y Mini-PROTEAN Tetra Cell (BioRad)

Sistemas de Imagen

  • ImageScanner III.
  • Typhoon™ TRIO. Escáner para la visualización de imágenes fluorescentes, especialmente diseñado para geles DIGE (GE Healthcare).

Otro equipamiento

- EXQuest Spot Cutter: (BioRad).

- Äkta Prime plus (GE Healthcare).

- Software para análisis de datos.
El SAI dispone de recursos informáticos para el procesado de los datos generados en los ensayos ofertados.

  • DeCyder™ v7.0 Software específico para el análisis de expresión diferencial de geles de proteínas marcadas con tecnología DIGE (GE Healthcare).
  • ProteinPilot™ v5.0.2 (Sciex). Programa de búsqueda automatizada de proteínas que incluye los motores de búsqueda MASCOT V2.5. y el Paragon (Sciex).
  • PeakView v2.0 (Sciex) nos permite visualizar y revisar los datos de LCMS y LCMSMS.
  • MarkerView v1.3.1 (Sciex) software de análisis estadístico a partir de datos de espectrometría de masas.
  • Skyline para la generación de métodos de proteómica dirigida (MRM) y su posterior análisis.

 

 

FUNCIONAMIENTO, TARIFAS Y SERVICIOS

Funcionamiento

Tarifas

 

Servicios

- Electroforesis en geles de poliacrilamida (SDS-PAGE)

- Electroforesis 2D (2-DE)

- Electroforesis 2D diferencial cuantitativa (2D-DIGE)                                                                                              

- Determinación de masa molecular.

- Estudios de fragmentación por ión.

- Identificación y caracterización de proteínas por MALDI.

- Identificación y caracterización de proteínas por LC-MS/MS.

- Análisis Cuantitativo:

  • SWATH
  • SRM/MRM (Selected Reaction Monitoring/Multiple Reaction Monitoring)

 

SOLICITUD DE ENSAYO

 

 

PUBLICACIONES Y COMUNICACIONES RECIENTES

- Serrano-Heras, G., Díaz-Maroto, I., Castro-Robles, B. et al. Isolation and Quantification of Blood Apoptotic Bodies, a Non-invasive Tool to Evaluate Apoptosis in Patients with Ischemic Stroke and Neurodegenerative Diseases. Biol Proced Online 22, 17 (2020). https://doi.org/10.1186/s12575-020-00130-8

- Martin-Rojas, T., Sastre-Oliva, T., Esclarín-Ruz, A., Gil-Dones, F., Mourino-Alvarez, L., Corbacho-Alonso, N., Moreno-Luna, R., Hernandez-Fernandez, G., Lopez, J. A., Oliviero, A., & Barderas, M. G. (2020). Effects of Growth Hormone Treatment and Rehabilitation in Incomplete Chronic Traumatic Spinal Cord Injury: Insight from Proteome Analysis. Journal of personalized medicine, 10(4), 183. https://doi.org/10.3390/jpm10040183

- Arevalo-Martin A, Grassner L, Garcia-Ovejero D, Paniagua-Torija B, Barroso-Garcia G, Arandilla AG, Mach O, Turrero A, Vargas E, Alcobendas M, Rosell C, Alcaraz MA, Ceruelo S, Casado R, Talavera F, Palazón R, Sanchez-Blanco N, Maier D, Esclarin A, Molina-Holgado E. Elevated Autoantibodies in Subacute Human Spinal Cord Injury Are Naturally Occurring Antibodies. Front Immunol. 2018 Oct 11;9:2365. doi: 10.3389/fimmu.2018.02365. eCollection 2018 PMID: 30364218

- Mourino-Alvarez L, Baldan-Martin M, Sastre-Oliva T, Martin-Lorenzo M, Maroto AS, Corbacho-Alonso N, Rincon R, Martin-Rojas T, Lopez-Almodovar LF, Alvarez-Llamas G, Vivanco F, Padial LR, de la Cuesta F, Barderas MG. A comprehensive study of calcific aortic stenosis: from rabbit to human samples. Dis Model Mech. 2018 Jun 19;11(6):dmm033423. doi: 10.1242/dmm.033423. PMID: 29752279; PMCID: PMC6031362.

- Martin-Rojas T, Mourino-Alvarez L, Gil-Dones F, de la Cuesta F, Rosello-Lleti E, Laborde CM, Rivera M, Lopez-Almodovar LF, Lopez JA, Akerstrom F, Padial LR, Barderas MG. A clinical perspective on the utility of alpha 1 antichymotrypsin for the early diagnosis of calcific aortic stenosis. Clin Proteomics. 2017 Apr 21;14:12.

- De la Cuesta F, Baldan-Martin M, Moreno-Luna R, Alvarez-Llamas G, Gonzalez-Calero L, Mourino-Alvarez L, Sastre-Oliva T, López JA, Vázquez J, Ruiz-Hurtado G, Segura J, Vivanco F, Ruilope LM, Barderas MG. Kalirin and CHD7: novel endothelial dysfunction indicators in circulating extracellular vesicles from hypertensive patients with albuminuria. Oncotarget. 2017 Feb 28;8(9):15553-15562.

- Cantillo J, F, Puerta L, Lafosse-Marin S, Subiza J, L, Caraballo L, Fernández-Caldas E: Identification and Characterization of IgE-Binding Tropomyosins in Aedes aegypti. Int Arch Allergy Immunol 2016;170:46-56. doi: 10.1159/000447298

- Baldan-Martin M, Mourino-Alvarez L, Gonzalez-Calero L, Moreno-Luna R, Sastre-Oliva T, Ruiz-Hurtado G, Segura J, Lopez JA, Vazquez J, Vivanco F, Alvarez-Llamas G, Ruilope LM, de la Cuesta F, Barderas MG. Plasma Molecular Signatures in Hypertensive Patients With Renin-Angiotensin System Suppression: New Predictors of Renal Damage and De Novo Albuminuria Indicators. Hypertension. 2016 Jul;68(1):157-66. doi: 10.1161/HYPERTENSIONAHA.116.07412. Epub 2016 May 23. PMID: 27217411.

- Pita-Thomas W, Barroso-García G, Moral V, Hackett AR, Cavalli V, Nieto-Diaz M. Identification of axon growth promoters in the secretome of the deer antler velvet Neuroscience. 2016 Nov 4. pii: S0306-4522(16)30604-2 Citada en PubMed; PMID: 27818162

- Sánchez-Sierra M, García-Álvarez I, Fernández-Mayoralas A, Moreno-Lillo S, Barroso García G, Moral Dardé V, Doncel-Pérez E. Mass Spectrometry in Pharmacokinetic Studies of a Synthetic Compound for Spinal Cord Injury Treatment. Biomed Res Int. 2015;2015:169234 Citada en PubMed; PMID: 26090386

- REGIONAL HETEROGENEITY OF 2-AG SYNTHESIZING AND DEGRADING MACHINERIES IN OLIGODENDROCYTES. INTRODUCING MULTIPLE REACTION MONITORING FOR QUANTIFICATION OF PROTEINS OF THE ENDOCANNABINOID SYSTEM Esteban PF:, Garcia-Ovejero D., Moreno-Luna R., Paniagua-Torija B., Arandilla AG., Barroso-García G., Arévalo-Martín A., Molina-Holgado E., 19a Reunión Anual de la Sociedad Española de Investigación sobre Cannabinoides, 22-24 Nov 2018 Madrid

- AUTOANTIBODIES AGAINST CENTRAL NERVOUS SYSTEM AFTER SPINAL CORD INJURY Angel Arevalo-Martin, Daniel Garcia-Ovejero, Beatriz Paniagua-Torija, Lukas Grassner, Orpheus Mach, Eduardo Vargas Baquero, Monica Alcobendas Maestro, Ana Esclarín de Ruz, Gemma Barroso García, Eduardo Molina-Holgado, 40 Congreso de la Sociedad Española de Inmunología, 25-27 Mayo 2017 Zaragoza

- AUTOANTIBODY SIGNATURES RELATED WITH RECOVERY AFTER SPINAL CORD INJURY Angel Arevalo-Martin, Lukas Grassner, Daniel Garcia-Ovejero, Beatriz Paniagua-Torija, Orpheus Mach, Gemma Barroso García, Eduardo Vargas Baquero, Monica Alcobendas Maestro, Dorsi Maier, Eduardo Molina-Holgado Cell Symposia. Neuro-Inmune Axis: Reciprocal Regulation in Development, Health, and Diseases 17-19 Sept. 2017 Sitge

- SPINAL CORD INJURY INDUCES LONG-TERM CHANGES IN THE RAT SPLEEN PROTEOME Angel Arevalo-Martin, Daniel Garcia-Ovejero, Veronica M Darde, Gemma Barroso, Yolanda Sierra-Palomares, Eduardo Molina-Holgado. 3rd International Spinal Cord Repair Meeting,  6-7 noviembre 2015 Barcelona.

 

 

PERSONAL

 

Barroso García, Gemma. Responsable del SAI de Proteómica.

e-mail: gbarroso@sescam.jccm.es

 

González Arandilla, Alba. Especialista Espectrometría de masas.

e-mail: agarandilla@sescam.jccm.es

 

Gallardo Escobar, Ana. Técnico Especialista de Laboratorio.

e-mail: agallardoe@sescam.jccm.es

 

 

CONTACTO

 

SAI-Proteómica
Edf. Investigación i-1Lab 21
Hospital Nacional de Parapléjicos
Finca La Peraleda s/n
45071 Toledo
España

 

Email: unidadproteomica.hnp@sescam.jccm.es
Tfno: (+34) 925 396 823
Tfno 2: (+34) 638 228 821
Fax: (+34) 925 396 821